A mais antiga referência que se conhece da Casa da Granja aponta para a sua existência em meados do século XV, quando pertencia a uma Fulana Gonçalves Preto, de geração honrada, que apenas se sabe ter casado com João Cerqueira.
Este João Cerqueira era filho de Gonçalo Cerqueira, senhor do paço de Oliveira, em Arcos de Valdevez, e fronteiro-mor do Minho, que teve uma desavença violenta com o visconde de Vila Nova de Cerveira, por dúvidas quanto ao padroado de algumas igrejas. Perdeu a guerra e as suas terras e foi forçado a exilar-se na Galiza.
João e o irmão mais velho, Martim Cerqueira, acusados de matarem alguns partidários do visconde, acolheram-se sob a proteção do parente, Fernão Coelho, 1º senhor de Felgueiras e Vieira, donde acabaram expulsos quando Martim se enamorou e casou com Inês Martins de Freitas, cunhada do dito Fernão Coelho, que se opunha a esse casamento.
Vieram ambos viver para Amarante.
De Martim Cerqueira descendem os Moniz Cerqueira. O seu neto, Francisco Moniz Cerqueira, fez instrumento de nobreza em 1530. Francisco Coelho Cerqueira, filho de Francisco Moniz Cerqueira, instituiu em 1564 um morgadio unido à capela de Santiago no convento de S. Gonçalo com cabeça nas suas casas da rua de S. Gonçalo.
Contribuiu para a construção desse convento, cedendo terrenos que possuía no local e, como homem da governança e muito influente, convenceu o povo a aceitar a vinda dos dominicanos para a vila de Amarante. Foi pai de Filipa Coelho Cerqueira que casou com Manuel de Magalhães Teixeira, de quem descendem os Magalhães da casa de Alvelos, em Freixo de Baixo (…).
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